慈云寺，位于长江南岸玄坛庙狮子山，现今方丈是释唯贤法师。该寺始建于唐代，重修于清乾隆二十二年(1757年)，原为观音庙；1927年云岩法师(慈云和尚，人称八指头陀)托钵来此，募资重新扩建，成为佛教的十方丛林，更名为慈云寺。云岩法师为了广纳四方弟子，于寺内设“爱道堂”，打破历来僧尼不同院的习俗，成为当时全国唯一的僧尼合庙，并改慈云寺为海禅寺院。
 
  慈云寺改为僧尼合庙的海禅寺院，有如下一段缘由：重庆是长江上游的交通枢纽，但早年轮船停泊的码头不在朝天门而是在南岸玄坛庙，各地僧尼和男女居士上朝峨嵋山，下朝普陀山等地，都要在此搭轮。一位叫向兴发的领江笃信佛教，皈依云岩法师后许愿，凡是朝山拜佛的人，在玄坛庙搭乘他领航的“福元”、“福通”两轮，一律免费，并供斋饭。云岩法师为广结善缘，打破旧例，建此海禅寺院。

  慈云寺背倚涂山，面迎长江，建筑面积。4000余平办米，系由上海请来的工程师设计，形式中西结合，别具一格，跷鳖悬铃，雄伟壮观。    山门右侧俯卧石刻青狮一座，相传为宋代遗物(“文革”中被捣毁，1982年仿造)，与隔江白象街的大白象遥相对峙，素有“青狮白象锁大江”之说。

  入门陡升石梯三十余级上月台，便是大雄宝殿，殿内朱门石栏，金色擎柱，雕梁画栋，富丽堂皇，殿檐正中悬挂着抗战时期国民政府主席林森题赠的“大雄宝殿”匾额，左边悬挂原四川督军刘湘献立的“慈云法苑”等匾，大殿两侧为高耸入云的钟楼，鼓楼，月台前有高大的化钱炉，对面即护法神韦驮的殿宇。  

  大雄宝殿正中供奉释迦牟尼大玉佛一尊，系缅甸迎来，由“福元”和“福通”两轮领江向兴发居士于1931年迎抵重庆，佛高1．87米，宽1．34米，重1500公斤，是我国寺庙中现有的四大玉佛之一，庄严肃穆，栩栩如生(另有同样的三尊玉佛，一在上海玉佛寺，一在北京北海团城，一在武汉归元寺)；佛座两侧绘有十八罗汉像；玉佛面前挂着四个圆柱形彩缎绣制的金刚幢，上面有用五色金线盘结粘贴而成的《金刚经》全文。
  大雄宝殿上层为普贤殿，供奉普贤菩萨，并有小玉佛两尊，各高50厘米，是与大玉佛同时迎请而来的。

  沿爱道堂左侧拾级而上，半山腰处有一瞭望广阔的“望江亭”，亭旁一荷花池，池内有精细雕刻的莲花一朵，莲花上立一释迦太子像围绕雕塑的九条龙，不断喷出泉水，淋洒在太子身上，名为“九龙浴太子”；“释迦谱”记载：释迦牟尼佛在印度兰毗尼园降生时，天空中九龙吐水，沐浴太子；池旁有50年前自印度移来的菩提树一株，相传2500年前释迦牟尼佛就是迭坐在菩提树下悟道成佛。

  山顶有一花园，园中有格格相通的“八功德水”池，是云岩法师根据《弥陀经》记载的八功德水(即此水一澄清、二清冷、三甘美、四轻软、五润泽、六安和、七能除烦恼、八能长善根)而建；“八功德水”池旁有一楼一底建筑，上为藏经楼，下为西方三圣殿，供奉阿弥陀佛、观音和大势至菩萨。

  寺内最高处有“皓月亭”，亭旁有燃灯古佛洞(燃灯佛即过去世的迦叶佛，释迦之师)。站在亭内俯视全寺，楼台亭阁，使人有飘渺云端之感。